นครซากูระมีการบริหารในรูปแบบนายกเทศมนตรี-สภา โดยมีนายกเทศมนตรีที่มาจากการเลือกตั้งโดยตรง และสภาเทศบาลนครที่อยู่ในรูปแบบสภาเดียวซึ่งประกอบด้วยสมาชิก 18 คน นครซากูระรวมทั้งเมืองชิโอยะและเมืองทากาเนซาวะ รวมกันเป็นเขตเลือกตั้งที่ให้สมาชิกสภาจังหวัดโทจิงิจำนวน 2 คน ในแง่ของการเมืองระดับชาติ นครซากูระเป็นส่วนหนึ่งของเขตเลือกตั้งจังหวัดโทจิงิที่ 2 ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรในรัฐสภาญี่ปุ่น